本会由会员组成会员代表大会。

会员代表大会是本行业协会的最高权力机构，理事会是会员代表大会的执行机构，理事会由会长、常务副会长、副会长、理事组成。在闭会期间领导本会开展日常工作，对会员代表大会负责。

秘书处是本协会办事机构，为理事会闭会期间的执行机构，负责协会的日常事务工作。

根据第五届理事会第一次会议表决，协会设置水环境治理与生态修复专业委员会、有机固废处置与综合利用专业委员会、城镇污水治理与运营专业委员会、大气与粉尘治理专业委员会、重金属治理与土壤修复专业委员会、环境影响评价专业委员会、环境监测专业委员会、环保装备专业委员会、核与辐射专业委员会、环境咨询专业委员会等10个专业委员会。